2013年6月，国家中医药管理局下文批准依托我院建设“国家中医药管理局瘿病证治重点研究室”。
瘿病（甲状腺机能亢进症）是内分泌科常见病、多发病。长期以来，我院对瘿病临床和基础研究方面积累了相当的基础，建立了较为完善的学科群。该重点研究室将着重从“瘿病证候规律的研究”、“瘿病调肝和血法治疗的生物学机制研究”、“瘿病（甲状腺机能亢进症）有效方药的开发应用及产业化研究”等三个方向开展，以期通过5-8年的建设和科研工作的开展和实施，占领学术制高点，进而在学界内形成广泛的影响力。
我院内分泌科系江苏省中医重点专科建设单位，南京中医药大学中西医结合内分泌专业博士点，江苏省中西医结合学会主委单位，为江苏省糖尿病专科护士培训实习基地，中华医学会糖尿病学分会和强生糖尿病学院临床培训基地。
研究室形成了以刘超教授为学科带头人，涵盖内分泌、外科、B超、病理及营养、运动康复、基础研究等专业学科，以中青年为主的学术团队，拥有开展瘿病临床与基础研究所需的仪器设备超1000万元，建有350平方米内分泌代谢病实验室。目前在研课题有国家自然基金、省临床专项、省自然基金等省级以上课题6项，获资助经费达953万元。